As nuvens não oferecem resistência estrutural ao avião porque elas são formadas por gotas microscópicas de água e cristais de gelo com densidade muito próxima à do ar e atravessá-las é o mesmo que passar por uma névoa densa.
O que pede atenção ao voar através de nuvens não é a nuvem em si, mas o que ela pode conter: turbulência, acumulação de gelo, chuva intensa ou relâmpagos.
Por exemplo, os Cumulonimbus (nuvens de tempestade) são evitados pelos pilotos porque geram turbulência severa e descargas elétricas.
Em determinadas condições, gotas de água super-resfriadas dentro de nuvens podem congelar na superfície das asas ao entrar em contato com elas, o que altera o perfil aerodinâmico da asa e reduz a sustentação. Por isso, os aviões têm sistemas de degelo nas asas, motores e janelas do cockpit, que operam automaticamente ou por ativação da tripulação.
A altitude de cruzeiro foi escolhida em parte porque está acima da camada onde a maioria das nuvens problemáticas se forma. Cirros (as nuvens finas de alta altitude que os aviões atravessam regularmente) podem até chacoalhar um pouco a aeronave, mas não apresentam riscos operacionais.